La Universidad Nacional de Costa Rica creada bajo la Ley No. 5.182 de febrero de 1973, inauguró su primer curso lectivo el miércoles 14 de marzo de ese mismo año, abriendo sus puertas a la comunidad nacional a partir de la herencia de la Escuela Normal de Costa Rica y de la Escuela Normal Superior, que cristaliza un sueño y un ideario de hombres y mujeres visionarios. 

El Consejo Universitario de la Universidad Nacional de Costa Rica, en su sesión No. 14, del 5 de junio de 1975, con base en un documento previo, aprobado y propuesto por el Consejo Directivo de la Facultad de Filosofía y Letras, autorizó la creación del Departamento de Filosofía. Esta nueva unidad académica vinculó a su quehacer el trabajo del antiguo Instituto de Historia y Teoría de la Ciencia y la Técnica, que entre los años 1974 y 1977 ofreció a la comunidad estudiantil dos certificados: uno en Teoría de la Técnica y otro en Teoría de la Ciencia, ambos enfocados en la formación de profesores en enseñanza de la tecnología. 
Posteriormente, el Departamento de Filosofía creó un Bachillerato en Enseñanza de la Tecnología, cuyo propósito era la formación de profesionales que, de acuerdo con sus diversas especialidades, conocieran, integraran y analizarán críticamente las relaciones entre la filosofía, las humanidades, la ciencia y la técnica. Desde hace 30 años y, bajo la figura de Departamento, la filosofía es un pilar en la formación de pensamiento crítico para las y los estudiantes de la Universidad Nacional. 

El Bachillerato en la Enseñanza de la Tecnología se convirtió en un Bachillerato en la Enseñanza de la Computación y la Informática, y fue trasladado a la Escuela de Informática para el año 1998. Debido a ello, el Departamento de Filosofía se enfocó en la creación de sus propias carreras disciplinarias. 

En sus orígenes este Departamento de Filosofía impulsó junto con Constantino Láscaris y Roberto Murillo la promoción del Instituto de Filosofía e Historia de la Ciencia y la Técnica, la idea era incitar a la reflexión interdisciplinaria acerca del carácter y el impacto que estaba teniendo la ciencia y la tecnología en la sociedad costarricense. Hoy en día, la visión de los años setenta de Láscaris y Murillo resulta visionaria, pues la conmoción que está produciendo el desarrollo vertiginoso de la biotecnología, de la ingeniería genética o las ciencias de la información obliga a los filósofos a incursionar en nuevos territorios éticos, epistemológicos y lógicos.

El Departamento de Filosofía por varios años impartió la carrera de Bachillerato en Tecnología que, como se mencionó se transformó en un Bachillerato en la Enseñanza de la Tecnología con concentración en informática y computación, lo cual brindó un espacio significativo a los profesionales de diversas áreas del conocimiento, permitiéndose un intercambio importante entre los sectores del saber cómo las Ciencias Formales (matemática, inteligencia artificial, computabilidad) y la Filosofía (lógica, ética, filosofía de la educación, filosofía de la técnica).

En febrero de 1997 se abrió la primera promoción del primer Doctorado en Estudios Latinoamericanos de la región Centroamericana, creado por un grupo de colaboradores a cargo de la Dra. Ana Lía Calderón, compuesto por: Dr. Eduardo Saxe, Dr. Yamandú Acosta, Dr. Arturo Andrés Roig, Dr. Horacio Cerutti, Dr. Gregorio Kaminsky, Dr. Joaquín Herrera Flores, Dra. Ana Rodríguez y Dr. Arnoldo Mora Rodríguez. El doctorado fue aprobado por el Consejo Nacional de Rectores (CONARE) en la sesión 02-96 del 13 de febrero de 1996. También desde septiembre del 2006 se ofrece la Maestría en Bioética, la cual constituye un esfuerzo conjunto entre la Universidad Nacional y la Universidad de Costa Rica, desde la cual se promueve la especialización de profesionales de áreas diversas con el interés común en bioética.

En cuanto al diseño curricular a nivel de grado, se inicia entre los años 1997 y 1998 con un programa de Bachillerato en Filosofía, que fue aprobado en 1998, esto permite una primera promoción para el año siguiente, que condujo a la primera graduación del 2003.

En el año 2004 se aprobó el Bachillerato en la Enseñanza de la Filosofía estructurado por trimestres, atendiendo posteriormente los cambios solicitados por las autoridades universitarias, hasta llegar a estructurarse por Ciclos como actualmente se oferta.  

En el año 2006 el Departamento pasó a ser Escuela de Filosofía, abriendo en el año 2007 la primera promoción de la Licenciatura en Filosofía. Sus objetivos, funciones y metas se diseñaron según las necesidades del proyecto universitario de la Universidad Nacional, en el marco de su política general, pero también en atención a la especificidad filosófica de su quehacer académico. Parte de la historia de la Escuela ha quedado registrada en algunas de sus publicaciones, como en la Revista Praxis, que se ha publicado desde el año 1974, teniendo además la Colección Prometeo y la Hoja Filosófica.

De este modo, la Escuela de Filosofía ha sido parte integral en el desarrollo de la Universidad Nacional. En su campo de docencia se ha enfocado en la vivencia de la filosofía mediante el estudio y la discusión de los problemas filosóficos y su aplicación en la cotidianidad. Las áreas de política, ética, lógica, epistemología y filosofía de la ciencia han sido importantes para el desarrollo de algunos de los ejes que con los años se han ido centrando como una preocupación para aportar a la reflexión nacional.